企業是技術創新的主體。在種業創新中，種業企業也應發揮主導作用。種業企業，特別是優勢種業企業，對技術、人才、資源、資本等創新要素具有較強的組裝能力，就像電腦主板一樣，使科研、生產、市場、投資等都能找到相應的“接口”。”，從而促進創新成果加速產出和轉化。

但目前的現狀是，我國種業企業大多小、散、弱，科研投入不足，自主研發能力薄弱。種業的創新力量更多集中在科研機構。受評價機制和體制機制限制，科研與生產之間的兩張皮問題凸顯。一個直觀的表現就是，培育出來的新品種很多，但真正能在市場上推廣、受歡迎的好品種還很少。

因此，要加快構建以企業為主體的商業育種體系，引導資源、技術、人才、資本等要素向優勢種業企業集聚，同時不斷優化營商環境，強化知識產權保護。保護，營造健康的創新土壤。

強化企業主體地位并不意味著削弱科研機構的作用。在種業創新中，科研機構和種業企業應同向而行，優勢互補，構建緊密的利益聯盟。科研機構要充分發揮技術和人才優勢，聚焦基礎研究領域，為種業企業創新提供底層技術支撐；種業企業要在應用創新上下功夫，面向行業和市場需求，加快創新成果轉化。